Blåmuslingen er fjordens talrigeste og biologisk vigtigste bunddyr. Næsten overalt er der tætte bestande af Blåmuslinger på fjordbunden. De er ikke særlig store, men der er mange. De udgør dels fødegrundlaget for en lang række arter, og dels renser de fjordvandet ved at pumpe det gennem deres filtre, hvorved de opsamler deres føde.

Den vandmængde, som dagligt passerer gennem fjordens bestand af Blåmuslinger, svarer til to gange fjordens samlede vandvolumen, men det er selvfølgelig i høj grad det samme vand, som de hele tiden filtrerer.

I meget varme somre, som følger efter vintre med stor nedbør, og dermed stor kvælstofudvaskning, kan der opstå iltsvind. Det kan betyde, at en stor del af Blåmuslingerne dør. Også i vintre med meget langvarigt islæg, kan iltkoncentrationen ved bunden blive så lav, at de ikke kan overleve. Da de imidlertid har en meget stor reproduktionsevne, genoprettes bestanden relativt hurtigt.

Flere af fjordens fugle lever af Blåmuslinger. Det gælder f. eks. det store antal Troldænder, som overvintrer i fjorden. I dagtimerne opholder Troldænderne sig på nogle få beskyttede rastepladser, hvor de stort set bare ligger passive i læ, men cirka en time efter solnedgang trækker de i store flokke ud på fjorden, hvor de natten igennem dykker efter Blåmuslinger på fjordbunden. Også Ederfuglen, som i de senere år har bredt sig ned gennem fjorden, har Blåmuslinger som deres primære fødeemne.

Fjordens Blåmuslinger er for det meste for små til at bruges som menneskeføde. I Isefjorden findes der derimod Blåmuslinger i spisestørrelse. Disse indeholder af og til små perler på 1-3 millimeter.