Der findes en række fredninger, som vedrører fjorden med øer og holme samt de tilstødende landområder.

• Landgangsforbud på øer og holme i fuglenes yngletid fra 1. april til 15. juli. Dette forbud omfatter dog ikke Lilleø og Hyldeholm ved Skuldelev. På Eskilsø omfatter denne fredning kun færdsel på strandengene, mens man for eksempel godt må besøge kirkeruinen i denne periode
  
  
• Jagt og forstyrrelsesfrie områder. Denne frednings bestemmelser omfatter blandt andet en begrænsning af motorbådes hastighed til 8 knob i de pågældende områder. Jagtbegrænsningerne er ret komplicerede, og der henvises derfor til Skov- og Naturstyrelsens web-sider om dette emne.
  
  
• Skovene Bognæs, Boserup og Jægerspris Nordskov er omfattet af landskabsfredninger.
  
  
• Bløden ved Risø er lukket for al færdsel hele året.
  
  
• Fjordens store østersskallebanker er beskyttede mod råstofindvinding.
  
  

Denne liste er ikke udtømmende, men indeholder det væsentlige. Generelt overholdes fredningerne - bortset fra hastighedsbegrænsningerne i de forstyrrelsesfrie områder, som ofte overtrædes groft af speedbåde.

International fredningsstatus
Roskilde Fjord er EF-fuglebeskyttelsesområde og EU-habitatområde. Udlægningen af jagt- og forstyrrelsesfrie områder er en konsekvens af fjordens status som EF-fuglebeskyttelsesområde.

Et område anses for at være af international betydning for en art, hvis mere end 1% af den nordvesteuropæiske bestand regelmæssigt opholder sig i området. Følgende rastende arter hører til denne kategori: Knopsvane(3.5%), Grågås(1.0%), Troldand(5.8%), Hvinand(1.8%), Stor Skallesluger(3.2%), Blishøne(1.1%) og Sangsvane(1.5%).

Blandt ynglefuglene er følgende arter med i EF-fuglebeskyttelses-direktivs liste over arter hvis levestæder kræver særlig beskyttelse: Skarv, Havterne, Fjordterne, Dværgterne og Klyde. Fire af ynglefuglene – Spidsand, Pibeand, Atlingand og Dværgterne – er klassificeret som sårbare eller sjældne. Af disse yngler de tre første ikke regelmæssigt, mens Dværgternen måske helt er forsvundet fra fjorden.