Selv om Ederfuglen generelt foretrækker mere åbne og salte områder, så er der siden sidst i 80’erne bredt sig en ynglebestand ned gennem fjorden, og i dag yngler den helt nede på fjordens allersydligste holme. Midt i 90’erne var der en bestand under opbygning på Eskilsø, men de blev forjaget af Ræve. Det må forventes, at denne opbygning genoptages hvis og når Eskilsø bliver rævefri. Ederfuglen placerer sin rede uden anden beskyttelse end hunnens camouflagefarver.




Også i vinterhalvåret holder en del Ederfugle til i Fjorden – primært i den nordlige del.



Ederfuglens fremgang i fjorden skyldes dels en generel fremgang for arten i østersøområdet – en fremgang som de seneste år dog er vendt til en tilbagegang, dels aftagende jagttryk og sandsynligvis også forbedringen i fjordens vandkvalitet. Ederfuglens vigtigste fødeemne er – lige som Troldandens - Blåmuslinger, som findes i stort tal i det meste af fjorden. Den er i stand til at æde større Blåmuslinger end Troldanden.

I Isefjordens sydlige del findes meget store kolonier af Ederfugle på øerne syd for Orø. De blev i 2001 og 2002 ramt af fuglekolera, som kostede en meget stor del af ynglefuglene livet. I Roskilde Fjord er der ikke konstateret fuglekolera.