Vi ved meget lidt om fjordens miljøforhold før anden verdenskrig, men i 50’erne og 60’erne tiltog forureningen af fjorden. Det skyldtes dels, at der omkring fjorden skete en omfattende udbygning uden effektive rensningsanlæg dels, at landbruget øgede sit forbrug af kunstgødning. I 70’erne foregik der en stor udbygning af områdets rensningsanlæg. Dette førte til en reduktion af den mængde fosfor, som blev tilført til fjorden.

Tilførslen af kvælstof, som primært stammer fra udvaskning af landbrugsarealerne, fortsatte med at stige, men da fjordens algevækst er afhængig af både fosfor og kvælstof, skete der i 70’erne en vending af udviklingen i en positiv retning. I de senere år er vandmiljøplanerne også begyndt at reducere tilførslen af kvælstof, men efter regnfulde vintre med stor udvaskning forekommer stadig somre med dårlig vandkvalitet.

Vandkvalitet er – hvis man går i detaljer – et kompliceret begreb, men vi har valgt et simpelt mål, som alle kan forstå. Sigtdybden er et mål for vandets klarhed, men den afspejler i høj grad de øvrige fysiske og kemiske parametre. Man sænker simpelthen en hvid skive ned i vandet, til man ikke kan se den mere, så har man sigtdybden. Det gentager man jævnligt og beregner så middelværdien for maj til oktober. Det er det pågældende års middel sommer sigtdybde.

Hvis vi skal se på de vigtigste parametre, som betinger vandkvaliteten, så drejer det sig om:

---

Næringsstoffer som tilføres fjorden. De to altafgørende er kvælstof (nitrat) og fosfor (fosfat). Kvælstof kommer primært fra land- og havebrug. Det tilføres dels via vandløbene og dels via luften. Fosfor kommer dels fra spildevand, men dels også fra industri og landbrug. Det tilføres via vandløbene, som jo som oftest modtager vort spildevand – ofte efter rensning.

Ilt, som dannes af planter eller overføres direkte fra luften ved indpiskning i vandet i blæsevejr. Fjordens fisk og bunddyr kan ikke leve uden ilt, men når fjordens organismer dør bruges der ilt til forrådnelsen. Hvis der bliver for lidt ilt til at fisk og bunddyr kan overleve, taler vi om iltsvind. Dette er meget sjældent i Roskilde Fjord bortset fra nogle få dybe huller i fjordbunden.

Varme i sommerhalvåret. Lange varme perioder, der som oftest falder sammen med stille vejr, fremmer fjordens algeproduktion, hvorved vandet bliver uklart på grund af algevækst, hvorved iltforbruget øges.

Saltholdigheden styrer både hvilke planter og dyr, der kan trives i fjorden. Vandets saltholdighed er størst i fjordens nordlige del, hvor den typisk er omkring 1.8%, mens der i den brakke Borrevejle Vig kun er omkring 0.8%. På grund af fjordens lange smalle form, med flere barrierer ned gennem fjorden, er indtrængning af salt fra Kattegat vanskelig. Udskiftningen af vand mellem Kattegat og fjorden foregår ved vindstuvninger. Hvis vinden går i nordvest presses der vand ind i fjorden, mens sydøstenvind presser vandet ud. I bunden af fjorden kan forskellen mellem laveste og højeste vandstand være op til halvanden meter. Med en middeldybde på 6 meter giver et skift fra høj- til lavvande altså en udskiftning på cirka en sjettedel af fjordens vand, men vandet i den sydligste del pumper bare frem og til bage, så udskiftningen her er beskeden.

Islæg: Ved langvarigt islæg (isvintre) tilføres fjordvandet ikke ilt fra luften, og planternes iltproduktion er også minimal. Det kan føre til så lave iltkoncentrationer ved bunden, at blåmuslingerne – som er fjordens rengøringspersonale - dør.

----

De fire kurver viser sigtdybden samt vand-, kvælstof- og fosfortilførslen fra fjordens opland. Sigtdybden – som er vores mål for vandkvaliteten – viser en generelt positiv udvikling, som dog visse år overdøves af kraftige tilbageslag. Den generelle positive udvikling er resultatet af samfundets store investeringer i rensningsanlæg og ændrede driftsformer i landbruget (vinter- i stedet for vårafgrøder). Forklaringen på tilbageslagene finder vi i kurverne over vand og kvælstofafstrømningen. I vintre med megen nedbør (f.eks 1993-94) udvaskes store mængder kvælstof fra markerne, og dette giver sig den efterfølgende sommer tydeligt udslag i en forringet vandkvalitet. Sommeren 1994 var imidlertid meget varm, så det kunne da også tænkes, at sommervejret var årsag til forringelsen. Det sidste afkræftes dog af forholdene i 2003. Her havde vi en meget tør vinter men en meget varm sommer. Til trods for sommervarmen var vandkvaliteten i sommeren 2003 helt i top. Det er altså kvælstoftilførslen som primært styrer vandkvaliteten, men varmen er da en medvirkende faktor. Ser vi på fosfortilførslen, udviser den samme tendens som kvælstoftilførslen, men ikke nær så markant. Derimod er den langsigtede nedgang tydelig fordi fosfor primært kommer fra rensningsanlæggene

Fjordens store bestand af Blåmuslinger foretager hele tiden rensning af vandet ved at filtrere det for mikroskopiske alger. I løbet af et døgn passerer en vandmængde svarende til to gange fjordens samlede mængde gennem Blåmuslingernes filtre. Desværre er det kun vandet i muslingens nærmeste omgivelser, som igen og igen passerer filtret. Hvis iltkoncentrationen ved fjordbunden bliver for lav dør Blåmuslingerne. Dette sker i somre med dårlig vandkvalitet og i vintre med meget langvarigt isdække. Heldigvis har blåmuslingerne en enorm formeringsevne, så i løbet af få år er skaden genoprettet.

Vandet er næsten overalt egnet til badning, men mange steder er bunden stenet eller mudret. I de gravede render findes stejle skrænter på bunden, men ellers er der sikker bund de fleste steder. Det anbefales dog at bade fra officielle badesteder, hvor der er opsat redningsposter.